در پروژه های جداسازی ویژه، فناوری غشای تصفیه آب عمدتاً برای غلظت مواد، تصفیه فاضلاب رنگ و جداسازی پروتئین در بیوداروها استفاده می شود. فناوری‌های غشای نانو فیلتراسیون و الکترودیالیز در جداسازی انتخابی در این زمینه‌ها نقش دارند، مانند نانوفیلتراسیون برای جداسازی مواد با وزن مولکولی و الکترودیالیز برای مقابله با بازیافت اسید و قلیایی. تصفیه پایین‌دستی در بیوداروها نیازمند اولترافیلتراسیون و میکروفیلتراسیون برای حذف ویروس‌ها یا زباله‌های سلولی است تا از خلوص و ایمنی محصول اطمینان حاصل شود.